某汽车修理公司是某市一家大型国有企业，主要从事汽车修理等业务。1995年前，由于公司法定代表人王某经营决策正确、管理有方，职工积极性高涨，公司承揽了大量汽车修理业务，效益较好。1996年1月，王某因某种原因离开公司，新的法定代表人上任后，由于经营管理不善，职工散漫，坐等修理业务上门，致使企业效益直线下滑。为鼓励职工的劳动积极性，改善企业经营管理水平，公司决定与全体职工签订集体合同，并决定在公司内部实行集体承包责任制，由全体职工承包公司运输业务。企业工会当即与企业有关管理人员进行集体协商。经多次协商，双方在承包的时间、期限及承包金额等方面达成一致，约定承包期为1年，自1996年5月至1997年4月；职工一方每年上缴公司承包金额100万元，但在剩余利润的分配问题上双方争执不下，职工一方提出利润的40%应用于发放职工的奖金，60%应用于职工福利基金，待基金达到一定数额后，修建一栋职工宿舍楼，以解决公司职工长期以来的住房困难问题。而公司一方提出这样分配利润不合理，公司应有继续发展的基金，用于职工福利的60%应用于公司投资，扩大经营规模。由于意见不同，双方在这一问题上始终达不成一致意见，职工无心工作，企业几乎瘫痪。
请问：因签订集体合同发生的争议应该如何处理？